Tras el retorno de la democracia, una tía abuela materna de Juan José, Máxima Rita Romero de Morales, denunció ante la Conadep la desaparición de toda su familia.
La búsqueda de Juan José comenzó en 2004, acompañado por el nodo Tucumán de la Red por el Derecho a la Identidad de Abuelas de Plaza de Mayo y la Comisión Nacional por el Derecho a la Identidad (Conadi). Él desconocía que no era hijo biológico, hasta que sus hermanos de crianza –luego del fallecimiento de sus padres– se lo dijeron y le entregaron su DNI original.
En 2008, después de la investigación documental y gracias a los estudios de ADN en el Banco Nacional de Datos Genéticos (BNDG), el joven pudo confirmar que Mercedes del Valle Morales, quien figuraba en su DNI como su madre, en efecto lo era.
Posteriormente, el Equipo Argentino de Antropología Forense (EAAF) logró identificar los restos de Mercedes en el Cementerio Norte de Tucumán. Juan José pudo realizar una ceremonia y despedirla. En ese tiempo, además, inició contacto con su familia materna.
Pero aún faltaba saber quién era su padre y constatar si había sido víctima de apropiación. Como el hombre que lo crió ya había muerto, debió efectuarse una exhumación, tarea que llevó adelante la Oficina Tucumán de la Procuraduría de Crímenes contra la Humanidad y la Fiscalía N° 1 de Tucumán.
El 28 de diciembre de 2022, con el informe del BNDG, el Juzgado Federal de Tucumán comunicó a Juan José que no era hijo de quien lo crió y así quedó acreditado que fue víctima de sustracción, ocultamiento y sustitución de identidad en el marco del terrorismo de Estado.
