Gracias a un llamado anónimo, los abuelos de Emiliano localizaron a su nieto casi de inmediato, internado por orden judicial en la Casa Cuna, pero no pudieron impedir que fuera dado ilegalmente en adopción. Desde el retorno de la democracia se solicitó en reiteradas oportunidades la realización de los análisis inmunogenéticos a Emiliano. En 1995, al no pronunciarse sobre la obligatoriedad de análisis, la Corte Suprema de Justicia de la Nación dio por prescripta la acción penal, imposibilitando la continuidad de la investigación. Ese año, Abuelas denunció al Estado argentino ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) por violar la Convención Internacional por los Derechos del Niño que consagra el derecho a la identidad y exige protegerlo.

Asimismo, Abuelas realizó una campaña nacional e internacional para reunir un millón de firmas y enviarlas a la CIDH en protesta contra el fallo. Más tarde, a partir de la intervención de la Corte Interamericana de Derechos Humanos, se celebró un acuerdo de solución amistosa entre Abuelas y el Estado nacional mediante el cual se promovió un acercamiento entre Emiliano y su familia biológica. Lamentablemente, los encuentros no prosperaron. Sus padres continúan desaparecidos.